Cu toate că pe teritoriul Parcului au fost efectuate studii floristice şi faunistice, multe relaţii ecologice sunt încă puţin cunoscute. Este nevoie de studii mai aprofundate privind succesiunea vegetaţiei pe stâncării, evoluţia vegetaţiei în diferitele stadii de fixare a carierelor, evoluţia vegetaţiei în pajişti, succesiunea vegetaţiei în pădurile exploatate, etc. De asemenea sunt necesare studii privind relaţiile existente între diversele componente ale ecosistemelor şi a factorilor care pot crea dezechilibre ecologice în zonă.
Muntii Macinului sunt în acelasi timp unici și reprezentativi cel puțin la nivel național. Astfel, ei constituie o originală combinație între caracterul de sinteză a tuturor erelor geologice și specificitatea lor biogeografică, atribuită de interferența în această arie a limitei sudice a speciilor central-europene și caucaziene, limitei nordice a celor mediteraneene, balcanice și pontice, precum și a limitei vestice a unor specii asiatice. Acești munți reprezintă în același timp limita nordică a părții submediteraneene a Peninsulei Balcanice, constituind o unitate distinctă a Provinciei floristice macedo-tracice.
Caracterul lor reprezentativ la nivel național este conferit de prezența aici a trei etaje de vegetație caracteristice, în special pentru Podișul Dobrogean, cum sunt pădurile mezofile de foioase balcanice, pădurile xeroterme submediteraneene și silvostepa cu păduri submediteraneene.
Vegetația erbacee este în special reprezentativă pentru stepa pontică, raspandită în România pe suprafețe reduse și fragmentate, predominant în Dobrogea. Astfel, asociația Agropyretum cristatae este până în prezent, citată în România doar în această regiune.
Din cauza climatului arid, vegetația zonelor umede este întâlnită pe suprafețe reduse. Prezența speciei amenințate Lythrum thymifolia sporește valoarea națională a unora dintre aceste asociații. Munții Măcinului reprezintă ,,rezervorul genetic” pentru specii deosebite pentru ,,zestrea” diversității vegetale românești cum sunt: Coridalys x dobrogensis, Euphorbia macinensis și Herniaria glabra var. dobrogensis.
Pe teritoriul unei țări rețeaua de arii protejate trebuie să fie proiectată astfel încat să acopere întreaga heterogenitate a structurii ecologice a țării respective astfel încat această rețea să constituie rețeaua cadru a întregului mozaic național de ecosisteme naturale și seminaturale. În condițiile în care în perimetrul PNMM sunt prezenți 50% din taxonii vegetali naționali și este parte componentă a celui mai important culoar de migrare a păsărilor din țara noastră și chiar european, este foarte important să înțelegem care sunt procesele ecologice ce se desfasoară la nivel de ecosisteme, complex regional de ecosisteme, în interferența și schimburile energetice dintre cele din interiorul parcului și cele situate la limita acestuia. Este greșit a se considera că se poate asigura pe termen lung o conservare durabilă prin realizarea unui management care să privească numai diversitatea din interiorul parcului. Protecția într-un mod ,,insular” face ca în cadrul dispersiei populațiilor să existe un sens de curgere a diversității dinspre parc spre zonele ecotonale și împrejurimi iar intrările să fie din ce în ce mai sărace astfel încat se poate ajunge la extincția unor specii de importanță locală, națională sau ecoregională. Este important ca odată cu adoptarea planului de management să se monitorizeze factorii de comandă externi în zonele ecotonale situate la limita parcului național, în aceste zone de interfață având loc procese active, mult mai sensibile față de acțiunea factorilor de comandă antropici, aceste zone constituind habitatele multor specii vulnerabile sau amenințate în PNMM (spații pentru microevoluție) : popândăul, jderul de piatră, șoimul dunărean, pietrarul.
În zonele ecotonale (areale simpatrice) se vor amplasa piețe permanente de monitorizare a parametrilor structurali și funcționali ai ecosistemelor care se întind atât în suprafața parcului cât și la limita acestuia, prin astfel de monitorizări verificându-se fluctuațiile factorilor de comandă exogeni și endogeni și vom avea posibilitatea de a trage semnalul de alarmă atunci când modificările parametrilor depășesc capacitatea mecanismelor de reglaj naturale ale acestor ecosisteme. Tot aici se acordă o importanță deosebită mesajului dat de modul de distribuție a unei populații în cadrul biotopului: întâmplătoare, grupată sau simetrică.
Un alt aspect esențial în studiul proceselor ecologice din perimetrul parcului este studiul succesiunilor care au loc la nivelul diversității din parc și la limita acestuia atât în ce privește componența faunistică, dar mai ales cea floristică. De cele mai multe ori se motivează că redundanța speciilor este suficientă în a suporta presiuni din ce în ce mai mari de către ecosistem neglijându-se faptul că peste un anumit grad de pierdere a diversității capacitatea de autoreglare a ecosistemului este pierdută ireversibil. Se va urmări permanent succesiunea asociațiilor la interferența dintre ,,pajiștile stepizate” și ,,pădurile de silvostepă”, de-a lungul timpului părerile specialiștilor privind cauzele succesiunilor naturale în interiorul și între cele două tipuri de ecosisteme fiind impărțite. Se pun bazele unor observații de lungă durată care pot confirma sau infirma evoluția celor două tipuri de ecosisteme, succedarea lor reciprocă cu sau fără influențe antropice și ce etapă reprezintă fiecare din ele față de starea de ,,climax relativ”. Un aspect deosebit de urmărit este dinamica asociațiilor vegetale în poienile din Zona de conservare durabilă în care până la înființarea parcului existau influențe antropice din care semnificativă era cositul în scopul obținerii de furaje. Astfel în aceste poieni antropizate, chiar dacă puține la numar, s-au specializat de-a lungul timpului anumite canale de materie, energie și informație și de aceea o neintervenție ar putea duce la o competiție din care să rezulte eliminarea unor specii prioritare de talie mică. De aceea în aceste zone se vor face inventarieri taxonomice complete după care intervenția prin cosire se va face doar în piețe martor reprezentând 10% din suprafața poienii urmând ca rezultatele să ducă la aplicarea unei soluții viabile, optime din punct de vedere ecologic.
Odată cu interzicerea vânătorii în parcul național are loc o creștere și evoluție nealterată a lanțurilor trofice faunistice din perimetrul și de la limita parcului. Se vor face evaluări prin metode specifice grupurilor de specii astfel încât să se sesizeze imediat orice dezechiilbru major care ar putea duce la extincția unei specii. Ecosistemele naturale au o evoluție către optim față de sistemele antropice care sunt dirijate spre maxim de multe ori în detrimentul celor naturale. De aceea prezența prădătorilor de vârf într-un anumit număr este esențială pentru starea de sănătate și evoluție normală a ecosistemului și nu mai trebuie vazută ca o prezență perturbatoare așa cum era văzută până la înființarea parcului. Ținând seama că speciile componentei faunistice nu cunosc în dispersia lor ,,granițele” parcului este necesară o analiză comparativă permanentă a rezultatelor evaluărilor din interiorul parcului cu cele efectuate în terenurile învecinate în care se se exercita vânătoarea unde ar trebui să se dezvolte ulterior observațiilor faunistice comparative, un model de selecție care să țină cont de proporția speciilor pe suprafață și a mărimii fiecarei populații așa cum există ele în perimetrul parcului unde selecția este naturală.
Parcul Național Munții Măcinului este un sanctuar al diversității unde cu siguranță pot fi studiate relații intraspecifice și interspecifice, succesiuni naturale și speciații care nu pot fi întâlnite în nicio altă zonă a țării noastre. De mare importanță în studiul schimbului de informații și materie între componente complementare de module trofice ale biodiversității sunt două zone cu regim diferit de protecție: zona Culmea Pricopan din PNMM și zona Lacul Sărat în administrarea CL Măcin. Se va analiza împreună cu CL Măcin și comunitatea locală posibilitatea unui management integrat a celor două zone prin înființarea unui coridor ecologic între cele două rezervoare de biodiversitate și includerea lor în programe comune de conștientizare și ocrotire. Lacul Sărat prin habitatele de mlaștină și apă de suprafață sporește capacitatea de autoreglare a ecosistemelor învecinate, deci implicit pe cea a teritoriului din PNMM, pe lângă impactul funcțional complementar pentru habitatele prioritare din parc, dezvăluind și un potențial peisagistic unic.